Η πλοκή του Persona 4 εξελίσσεται στην Inaba, μια αγροτική πόλη η οποία έχει δικό της εμπορικό κέντρο και σχολείο. Στην μικρή αυτή πόλη όμως, ανεξιχνίαστες δολοφονίες λαμβάνουν χώρο όπου τα θύματα βρίσκονται κρεμασμένα ανάμεσα στις κεραίες των τηλεοράσεων. Παράλληλα, μια φήμη αρχίζει να εξαπλώνεται: όποιος αποσυνδέσει την τηλεόραση και την ανοίξει τα βροχερά μεσάνυκτα θα συναντηθεί πρόσωπο με πρόσωπο με το άλλο του μισό.
Ακολουθώντας αυτή την φήμη, μια ομάδα μαθητών λυκείου ανακάλυψε έναν περιτυλιγμένο με πυκνή ομίχλη κόσμο στον οποίο εισήλθαν μέσω των οθονών των τηλεοράσεων. Εκεί έρχονται σε επαφή με τις σκοτεινές πλευρές του εαυτού τους και αντιμετωπίζοντάς τες, αποκτούν την ικανότητα να επικαλούνται πλάσματα γνωστά ως personas. Τώρα θα οργανώσουν μια ερευνητική ομάδα προκειμένου να βρουν στοιχεία που να συνδέουν τους φόνους με την κόσμο που βρίσκεται μέσα στην τηλεόραση.